本校於民國四十六年十月二十三日正式奉准獨立名為「南投縣立水里初級中學 」，校長由分部主任陳定國先生升任。當時校內各項設備簡陋，校舍建在高低不平的荒郊上，經全體師生及地方人士胼手胝足、篳路藍縷，建校工程十分艱鉅，五十餘年來辛勤耕耘，才把昔日罕無人跡荒地之丘，發展為今日巍峨黌舍幽靜校園。

民國五十年八月「南投縣立水里初級中學信義分部」，五十三年四月，始獨立為「南投縣立信義初級中學」。民國五十七年八月一日，全國實施九年國民義務教育，本校奉令改制為「南投縣立水里國民中學」。 民國六十一年八月一日，設立「南投縣立水里國民中學民和分部」，六十六年八月一日獨立為「南投縣立民和國民中學」。

民國八十年九月起奉准附設補習學校。

民國八十八年逢九二一大地震，舊校舍全倒，由長榮集團張榮發慈善基金會認養重建校園，校園再現生機，九十年六月四日落成使用，校園脫胎換骨，呈現新穎、美麗、雄偉的風貌。

民國九十二年增設社區大學水里分校，提供水里地區民眾多元的學習場所。